Hội đồng trường là tổ chức quản trị, thực hiện quyền đại diện chủ sở hữu và các bên có lợi ích liên quan tại Trường Đại học Nha Trang. Hội đồng trường Trường Đại học Nha Trang nhiệm kỳ 2020-2025 được thành lập theo Quyết định số 4790/QĐ-BGDĐT ngày 30/12/2020 của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo về việc công nhận Hội đồng trường Trường Đại học Nha Trang nhiệm kỳ 2020-2025 và Quyết định số 4791/QĐ-BGDĐT ngày 30/12/2020 của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo về việc công nhận Chủ tịch Hội đồng trường Trường Đại học Nha Trang nhiệm kỳ 2020-2025.

Cơ cấu Hội đồng trường bao gồm: Chủ tịch, Thư ký, Thường trực Hội đồng trường và các Ban chuyên môn. Các Ban chuyên môn của Hội đồng trường bao gồm: Ban Khoa học và Đào tạo, Ban Tổ chức, Nhân sự và Pháp chế, Ban Tài chính và Cơ sở vật chất.